«پایان تاریخ» فوکویاما و نظریه «برخورد تمدن‌ها»ی هانتینگتون (۱۹۹۶) هردو حاصل فضای به وجود آمده ناشی از سقوط شوروی سابق بودند. هردو نظریه‌هایی هستند پیشگویانه و در تفسیر آن‌چه به وقوع پیوسته و پیش‌بینی آن‌چه جهان آینده خواهد بود. فوکویاما در «پایان تاریخ» آینده جهان را متعلق به لیبرال دموکراسی می‌دانست. با سقوط بلوک شرق و از میان رفتن کمونیسم به عنوان یک مدل حکومتیِ واقعا موجود، تب و تاب بشر پایان می‌گرفت و او پیش‌بینی می‌کرد لیبرال دموکراسی به تدریج در سراسر کشورهای جهان، یکی بعد از دیگری، پا بگیرد و مستقر شود. نظریه‌ای خوشبینانه بود و البته طی موج سوم دموکراسی از اواخر دهه ۷۰ میلادی تا سال ۲۰۰۰، تعداد کشورهایی که حکومتی انتخابی دارند، از ۳۵ به ۱۱۰ رسیده بود. فوکویاما «پایان تاریخ» را در سال ۱۹۸۹ اولین بار مطرح کرد (همان سالی که دیوار برلین فرو ریخت و دومینوی سقوط رژیم‌های کمونیستی اروپای شرقی آغاز شد) اما در سال ۱۹۹۲ در کتاب پایان تاریخ و انسان واپسین آن را پرورد و مدون کرد. (یک سال بعد از سقوط نهایی اتحاد جماهیر شوروی) شهرت فوکویاما زمانی اتفاق افتاد که او حتی چهل سال هم نداشت. پسر مادری متولد کیوتوی ژاپن و پدری از نسل دوم آمریکاییان ژاپنی‌تبار در خانواده‌ای دانشگاهی و با سطح تحصیلات بالا ابتدا در رشته هنر درس خواند و لیسانس گرفت. بعد اما در رشته فلسفه سیاسی ادامه تحصیل داد و دکترایش را از هاروارد گرفت و از قضا هانتینگتون از اساتیدش بود. پایان‌نامه دکترای او درباره سیاست شوروی در خاورمیانه بود و از همین جا علایق او پیداست: بلوک شرق و اتحاد جماهیر شوروی، کشورهای درحال توسعه و به اصطلاح دوران جنگ سرد جهان سومی.

خوشبینی دهه نود، اما در قرن بیست و یکم آب شد و از میان رفت. آن‌چه فوکویاما و خیلی دیگر از محققان دموکراسی و توسعه منتظرش بودند محقق نشد. روند حرکت کشورهای بزرگی چون روسیه، چین و ترکیه به سمت دموکراسی متوقف شد و درگیر رهبرانی کاریزماتیک و اقتدارگرا شدند. دموکراسی به معنای غربی آن در هیچ‌یک از پانزده جمهوری شوروی سابق برقرار نشد و خاورمیانه طبق معمول دژ تسخیرناپذیر برای دموکراسی باقی ماند. از آن بدتر روند رو به رشد رای آوردن ملی‌گراهای ضدمهاجرت، پوپولیست‌ها و راست‌گراهای افراطی در خود جهان غرب بود. تحولاتی که فوکویاما را به سمت یک تفسیر تازه کشاند و ابتدا در مقالاتش و سپس در کتاب هویت تحولات را به این شکل تئوریزه کرد: جدال بین انسان‌ها تنها بر سر منافع اقتصادی در معنای مارکسیستی آن نیست. آن‌ها دنبال حفظ کرامت خودند و وقتی احساس کنند نادیده گرفته شده‌اند بی‌ثباتی سیاسی آغاز می‌شود. این را سیاست هویت خواند و از جنبش می تو تا نیرو گرفتن بنیادگرایی اسلامی را بر این پایه تحلیل کرد.

نظم و زوال سیاسی کتاب دیگری بود که در چندسال اخیر فوکویاما نوشت. کتابی که در زمینه توسعه مفهوم‌سازی می‌کند. فوکویاما در این کتاب بر مفهوم دولت مدرن (به معنی دولتی که نه براساس روابط خویشی و رفیق‌محور، که براساس سازماندهی دقیق بنا شده)، حاکمیت قانون (که بسیار متفاوت است با حکومت کردن از طریق قانون) و دولت پاسخگو متمرکز شده است. نکته جدل‌برانگیز کتاب او اما در آن‌جاست که با غور در تاریخ موارد متعددی برمی‌شمارد که بوروکراسی دولت‌های مدرن بیشتر محصول دورانی از دولت قوی اقتدارگرا بوده‌اند تا دموکراسی. برخی از این دولت‌های مدرن هنوز هم دموکراتیک نیستند مثل سنگاپور و چین. فوکویاما معتقد است «هواداران دموکراسی با دلایلی محکم، تلاش‌های‌شان را برای محدود کردن قدرت دولت‌ها متمرکز می‌سازند. اما چندان انرژی و توانی صرف اندیشیدن درباره شیوه کارآمد حکمرانی نمی‌کنند.»

درباره فوکویاما بدفهمی‌های متعددی در جریان است. آن‌چه او در نظم و زوال سیاسی می‌نویسد به معنی حمایتش از اقتدارگرایی نیست. تنها متذکر می‌شود لیبرال‌ها آن‌قدر به بریدن دست و پای دولت مشغول بوده‌اند که یادشان رفته ابتدا باید دولتی ساخته شود. بوروکراسی قدرتمند حکومت پروس را به عنوان یکی از بهترین نمونه‌های دولت‌سازی واکاوی می‌کند. این توجه به دولت‌سازی، وجه تفارق او با لیبرال‌های کلاسیک است. و البته مرزبندی او با نئولیبرال‌ها.
هرچند زمانی فوکویاما در زمره نئومحافظه‌کاران به شمار می‌رفت اما او در این سال‌ها هم با حمله به عراق مخالف بود و هم در انتخابات از اوباما حمایت کرد. این مرزبندی او با نئومحافظه‌کاران حزب جمهوری‌خواه است.
نظریه پایان تاریخ او سال‌ها باعث شد از دید ضدیت با جناح چپ به او نگریسته شود. تصویری که از فوکویاما ساخته شد آدمی بود با هیستری ضدچپ که روی ویرانه‌های کمونیسم، برتری غایی اردوگاه غربی را با شیپور اعلام می‌کند. به نظر می‌رسد سال‌ها تلاش کرده تا این تصویر را بزداید. همچنین نظریه پایان تاریخ او (برخلاف پایان‌نامه‌هایی که در این باره در دانشگاه‌های ایران سرهم شده‌اند) ارتباطی با نظریه شیعه درباره عاقبت جهان ندارد. فوکویاما هوادار ترامپ هم نیست و از قضا او را ثمره و نتیجه سیاست هویتی می‌داند که علیه آن کتاب نوشته است.

پایان نظم، سرمایه اجتماعی و حفظ آن؛ ترجمه غلامعباس توسلی، جامعه ایرانیان، ۱۳۷۹، آینده فراانسانی ما، پیامدهای انقلاب بیوتکنولوژی، ترجمه ترانه قطب، طرح نو، ۱۳۹۰، آینده پساانسانی ما، ترجمه حبیب‌لله فقیهی‌نژاد، مقدمه حسین سلیمی، روزنامه ایران، ۱۳۸۴، آمریکا بر سرتقاطع، دموکراسی، قدرت و میراث جریان نومحافظه‌کاری در آمریکا، ترجمه مجتبی امیری وحیدی، نشر نی، ۱۳۸۶ دیگر کتاب‌هایی هستند که در این سال‌ها از فوکویاما در بازار کتاب ایران به چاپ رسیده است. کتاب «هویت» او هم با چهار ترجمه در ایران منتشر شده که موضوع پرونده ماست.