فروشگاه انتشارات ققنوس در بهمن‌ماه سال ١٣٥٦ آغاز به کار کرد، اما این آغازِ کار نبود: امیر حسین‌زادگان، مؤسس انتشارات، کارش را در این حوزه از سال ١٣٥٠، در یکی از محلات جنوب‌غربی تهران، مهرآباد جنوبی، و با راه‌اندازی کتابفروشی «امیر»، شروع کرد. کتابفروشی، چهار سال بعد، به بازار بین‌الحرمین تهران منتقل شد. البته، آن وقت دیگر کتابفروشی به انتشارات تبدیل شده بود: انتشارات «امیر».
بعد از دو سال فعالیت در بازار، در اوایل سال ١٣٥٦ با تغییر نام انتشارات از «امیر» به «ققنوس» و انتشار نخستین کتاب با نام توراندخت و برنامه‌ریزی برای انتشار دیگر کتاب‌ها که عرضه‌شان در بازار ممکن نبود، مدیر انتشارات تلاش‌هایش را برای انتقال به مرکز بازار نشر و عرضه کتاب ایران، یعنی خیابان شاه‌رضای آن روز و اصطلاحاً «روبروی دانشگاه»، شدت بخشید.
بعد از تلاش‌ها و پیگیری‌ها، سرانجام با مساعدتِ محمود کاشی‌چی، مدیر انتشارات گوتنبرگ، خرید فروشگاه میسر شد؛ همان فروشگاهی که هنوز هم، در دو طبقه، در بازارچه کتاب قرار دارد و ویترین و مرکز تکفروشی کتاب‌های مجموعه نشر و پخش است. این فروشگاه بیش از سی سال است که محل آمد و رفت علاقه‌مندان و اهالیِ ادبیات و فرهنگ این سر‌زمین بوده است.
اولین کتاب‌هایی که انتشارات ققنوس منتشر کرد عبارتند از: توراندخت، اثر برتولت برشت و با ترجمه زنده‌یاد رضا کرم‌رضایی؛ منظومه خاک، سروده محمدعلی سپانلو و شازده احتجاب، اثر زنده‌یاد هوشنگ گلشیری.
کمی بعد، همزمان با اوج‌گیری مبارزات مردمی علیه رژیم شاهنشاهی، انتشارات ققنوس در نیمه دوم سال ١٣٥٧ دست‌به‌کار انتشار آثاری شد که هر یک به طریقی در روند تکاپوهای اجتماعی آن روزگار مؤثر و نقش‌آفرین بودند. این کتاب‌ها، که در روزهای سلطه ساواک و تسلط پهلوی امکان نشر نداشتند، اصطلاحاً «جلد سفید» نامیده می‌شدند. گذشته چراغ راه آینده است، از جامی؛ بچه‌های دیروز که به میدان آمده‌اید به میدان آمدنتان مبارک باد، از مرتضی رضوان؛ پیشاهنگ و توده، از بیژن جزنی؛ مصاحبه اوریانا فالاچی با شاه و سخن در حلقه زنجیر (اسنادی از سانسور مطبوعات ایران) نوشته جواد مجابی شماری از این آثار بودند.
توجه ویژه به نشر آثاری متفاوت در حوزه کودک و نوجوان از همان ابتدای فعالیت انتشارات ققنوس باعث تولد «نشر سرود» شد که آثار باکیفیتی برای این گروه سنی چاپ و عرضه می‌کرد، از جمله آثار نسیم خاکسار، قدسی قاضی‌نور، داریوش عبادالهی، جواد مجابی و… نشر سرود، از زیرمجموعه‌های ققنوس، بعدها جای خود را به انتشارات آفرینگان داد.
از آن روزگار تاکنون، ققنوس بیش از هزار عنوان کتاب در حوزه‌های گوناگونی چون ادبیات، داستان، تاریخ، فلسفه، روان‌شناسی و… منتشر کرده است.
گرچه کشورِ ما عضو کنوانسیون برن نیست و، به تبع آن، ناشران ایرانی ملزم به رعایت قوانین کپی‌رایت نیستند، انتشارات ققنوس از سال ١٣٨٠ تا به حال کوشیده است، حتی‌الامکان و به طور داوطلبانه، آثار نویسندگان خارجی را با کسب رضایت و مجوز ایشان یا ناشران آثارشان منتشر کند.
انتشارات ققنوس در سال ١٣٨٠، در میانه سومین دهه فعالیتش، ناشر برگزیده وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی شد. این افتخار، به نحوی دیگر، در دوازدهمین و چهاردهمین نمایشگاه بین‌المللی کتاب تهران تکرار و ققنوس به عنوان ناشر برگزیده این دو دوره انتخاب شد.
امیر حسین‌زادگان، در سال ١٣٦٧، مرکز پخش ققنوس را تأسیس کرد تا کتاب‌ها به بهترین شکل ممکن در سراسر کشور توزیع شوند و در اختیار مخاطبان قرار گیرند. این مرکز، امروزه، با مدیریت فرزندش، محمد (هادی) حسین‌زادگان، فعالیتش را ادامه می‌دهد و علاوه بر توزیع کتاب‌های انتشارات ققنوس و هیلا و آفرینگان، نمایندگی فروش و توزیع انحصاری حدود یکصد ناشر را به عهده دارد و با اکثر کتابفروشان کشور همکاری می‌کند.
مرکز پخش، با مساحت ٨٠٠ مترمربع، که ٢٠٠ مترمربع آن اختصاص به کتاب‌های کودک و نوجوان دارد، در همسایگی دفتر انتشارات واقع شده است.
علاوه بر پخش، توسعه فعالیت‌های مجموعه ققنوس به تأسیس دو انتشارات دیگر منجر شده است: انتشارات آفرینگان، به مدیریت زهره حسین‌زادگان، که اختصاصاً آثار کودک و نوجوان را منتشر می‌کند و انتشارات هیلا، به مدیریت محمد (هادی) حسین‌زادگان، که در زمینه انتشار آثار ادبی، رمان و داستان کوتاه، فعالیت دارد. مراحل آماده‌سازی کتاب‌های این دو نشر نیز در تحریریه انتشارات ققنوس انجام می‌گیرد.
گروه انتشاراتی ققنوس، به منظور گسترش فعالیت خود و ایجاد فضای مناسبی برای حضور بیشتر علاقمندان به کتاب و امور فرهنگی مجوز موسسه فرهنگی-هنری ققنوس راوی دوران را در سال ۹۶ دریافت کرد.
